研究領(lǐng)域：聚焦基于代謝網(wǎng)絡(luò )的數字細胞建模，整合“干”“濕”實(shí)驗技術(shù)，實(shí)現細胞精準模擬以指導理性改造和人工合成。
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個(gè)人網(wǎng)站：https://chenyu.website/
郵箱：y.chen3@siat.ac.cn
個(gè)人簡(jiǎn)介
陳禹，研究員，博士生導師，國家級青年人才。2018年獲得華東理工大學(xué)生物化工博士學(xué)位，后于瑞典Jens?Nielsen實(shí)驗室開(kāi)展博士后研究，2023年加入中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所。近五年來(lái)，代表性文章發(fā)表于PNAS、Nature Protocols、Molecular Systems Biology等期刊，合作文章發(fā)表于Cell、Nature Catalysis、Nature Chemical Biology等期刊。曾多次受邀擔任PNAS、Nature Communications、Bioinformatics等期刊審稿人。目前主持深圳市醫學(xué)研究專(zhuān)項，參與國家重點(diǎn)研發(fā)計劃、深圳市科技計劃等項目。
學(xué)習經(jīng)歷：
2012.09-2018.06，華東理工大學(xué)生物化工博士（碩博連讀）
2008.09-2012.06，華中農業(yè)大學(xué)生物工程學(xué)士
工作經(jīng)歷：
2024.01-至今，中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所，研究員
2023.02-2024.01，中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所，副研究員
2018.02-2022.12，查爾姆斯理工大學(xué)，博士后
學(xué)術(shù)成就
擔任Advanced Biotechnology期刊青年編委。
重大科技項目承擔情況：
1.深圳市醫學(xué)研究專(zhuān)項資金資助項目，2024-01-01/2026-12-31，項目負責人；
2.國家重點(diǎn)研發(fā)計劃，2023-12-01/2028-11-30，課題骨干；
3.深圳市科技重大專(zhuān)項，2024-01-01/2026-12-31，主要成員。
代表性文章：
1. Metabolomes evolve faster than metabolic network structures，Proceedings of the National Academy of Sciences，2024，（一作及通訊）；
2. Single-cell omics analysis with genome-scale metabolic modeling，Current Opinion in Biotechnology，2024，（一作及通訊）；
3. Reconstruction, simulation and analysis of enzyme-constrained metabolic models using GECKO Toolbox 3.0，Nature Protocols，2024，（共一第一）；
4. GotEnzymes: an extensive database of enzyme parameter predictions，Nucleic Acids Research，2023，（共一第二）；
5. Yeast has evolved to minimize protein resource cost for synthesizing amino acids，Proceedings of the National Academy of Sciences，2022，（一作）；
6. In vitro turnover numbers do not reflect in vivo activities of yeast enzymes，Proceedings of the National Academy of Sciences，2021，（一作）；
7. Yeast optimizes metal utilization based on metabolic network and enzyme kinetics，Proceedings of the National Academy of Sciences，2021，（一作）；
8. Proteome constraints reveal targets for improving microbial fitness in nutrient-rich environments，Molecular Systems Biology，2021，（共一第一）；
9. Mathematical modeling of proteome constraints within metabolism，Current Opinion in Systems Biology，2021，（一作）；
10. Energy metabolism controls phenotypes by protein efficiency and allocation，Proceedings of the National Academy of Sciences，2019，（一作）。